Djur som lever i eller nära vatten, som vattensköldpaddor, axolotler, salamandrar och vattengrodor, producerar mycket avfall som snabbt försämrar vattenkvaliteten. Ett filter som är anpassat för terrarier hjälper till att hålla vattnet rent genom mekanisk rening, där partiklar fångas upp, och biologisk rening, där nyttiga bakterier bryter ned ammoniak och nitrit.
I terrarier är vattennivån ofta låg, och därför behövs filter som fungerar även när vattnet bara är några centimeter djupt. Platta innerfilter och filter som kan läggas ned är vanliga lösningar. Vattensköldpaddor är särskilt smutsiga och behöver ett filter med god kapacitet i förhållande till vattenmängden.
Rengör filtermaterialet i vatten från terrariet, inte i kranvatten, så att de nyttiga bakterierna överlever. Komplettera filtreringen med regelbundna delvattenbyten för att hålla vattnet i bästa skick.