Det finns flera olika typer av filtermedia som används i akvariefilter. Mekaniskt filtermedia, som filtersvampar eller filtervadd, fångar upp smuts och partiklar i vattnet. Biologiskt filtermedia, till exempel keramiska ringar eller biobollar, ger en stor yta där nyttiga bakterier kan etablera sig. Kemiskt filtermedia, som aktivt kol, används ibland för att ta bort vissa ämnen ur vattnet.